John Flynn (* 14. März 1932 in Chicago, Illinois; † 4. April 2007 in Pacific Palisades, Kalifornien) war ein US-amerikanischer Filmregisseur.
Flynn war ab 1962 bei mehreren Filmen als Regieassistent tätig, bevor er mit Der Sergeant 1968 seinen ersten eigenen Film inszenierte. Bis einschließlich 2001 folgten 15 weitere Filmproduktionen, wobei er auch mit Schauspielern wie Steven Seagal und Sylvester Stallone drehte. Für Revolte in der Unterwelt (1973) verfasste er auch das Drehbuch.